Kalocsát eredetileg Colocsa (ejtsd: Koloksza) néven illették: a colosa lápos területet jelent és Kalocsa területe a Duna mocsaras árterén feküdt. A török időkben a helytelen fordítások következtében Kalokia néven emlegették. Így alakult ki a város mai neve az 1750-es évekre.

Kalocsa körülbelül egyidős a magyar állammal. A honfoglalás után Árpád fejedelem szálláshelye volt, egyes kutatások azt igazolják, hogy Gézáig ez a település volt a fejedelmek székhelye. Később az uralkodói központ Fehérvárba és Esztergomba költözött, de első felkent királyunk számára Kalocsa továbbra is fontos maradt. Ennek bizonyítéka, hogy az elsők között hozott itt létre magyar püspökséget és a közeli Halom dombján királyi kúria is volt.

Az egyházmegye fejlődésével párhuzamosan Kalocsa is az ország egyik vezető városává nőtte ki magát. Felépült az első székesegyház és a növekvő állam hódításain létrehozott új egyházmegyék is Kalocsa érseki tartományához kerültek. Ez volt az egyetlen egyházi központ, mely nem volt egy külön megye központja is, ennek ellenére a 12. századtól a kalocsai érsekek Bács és Bodrog vármegye állandó ispánjai lettek. Szent László király az érsekség központját megosztotta, és Bács várába költözött az érsek is, de Könyves Kálmán király idejére visszaköltözött a káptalan és az egyházfő is inkább itt tartózkodott, amelynek eredményeképp felépült a második kalocsai székesegyház. Az új épületet ereklyék és a legmodernebb korabeli építészeti bravúrok tették híressé.

A későbbi érsekek közül Csák Ugrin (érsek 1219 és 1241 között) a tatárok ellen harcolt, Tomori Pál pedig 1526-ban a magyar hadakat vezette a mohácsi csatában. Mindketten elestek a harcmezőn.

A törökök 1529. augusztus 15-én foglalták el Kalocsát, és teljes egészében lerombolták a várost. A lakók elmenekültek, Kalocsa veszített jelentőségéből. 1602. november elején a Buda ostromáról elvonuló törökök nyomába küldött császári és magyar csapatok betörtek Kalocsára is, kirabolták és fölégették a várost. Ezután (1602-ben) csak az érseki palotát állították helyre. A törökök 1686. október 13-án hagyták el a várost, és felégették a várát. A török utáni időkben lassan fejlődött.

1875-ben nagy tűzvész pusztított, a vasútvonal pedig a fejlődés szempontjából későn, 1882-ben érte el a várost. Kalocsa az érsek földesúri uralma alatt álló mezőváros volt, 1871 után nagyközséggé alakult, majd 1921-től rendezett tanácsú város lett. Kulturális jelentőségét azonban az érsekeknek köszönhetően mindvégig megőrizte. Az ipari fejlődés az 1960-as években indult meg.

A város egy erősen mezőgazdasági orientációjú régió központja, jelenleg is a világ egyik legnagyobb paprikatermő területe. A régió további fontos termékei a bor, a különféle gyümölcsök, a len, a kender, illetve a gabona, ugyanakkor jelentős halászattal is bír. Az utóbbi időkben a város egyre inkább turisztikai célponttá vált, különösen a rövid távú dunai hajóutak számára. Ezt szem előtt tartva 2002-ben termálfürdőt is nyitottak a településen.

Legnevezetesebb épületei közé tartozik a kalocsai főszékesegyház (orgonáján gyakran játszott Liszt Ferenc), az érseki palota és a csillagászati obszervatórium, emellett jelentős értékeket őriz a város nagy belvárosa, a hozzá tartozó kikötő és több puszta is. A palotában a könyvtár mellett különösen figyelemre méltó Patachich-terem, az oratórium és a mennyezetfreskó. Az egykori püspöki park ma már látogatható, és számos dendrológiai ritkaságot tartalmaz.