A város nevének eredete nem tisztázott. Kezdetben arra gondoltak, hogy a várost nyugatról körülvevő tóról, mocsaras vidékről kapta a nevét. A tatárjárás pusztításai után a lakosságában megfogyatkozott Duna-Tisza közére kunok települtek. A Csertán kun nemzetség központja lett a település. 1290-ben a kunok kiváltságokat kaptak, s a megalakuló hét kun szék egyik törvénytartó helyévé vált. A kun Csertán nemzetség és Halas-szék központja lett. 1347-ben már utalnak rá, de Halas nevét először 1366-ban említette oklevél. 1390-ben búcsújáróhely lett. 1408-ban Luxemburgi Zsigmond is járt itt. 1439-ben említették először városként a települést.

1436-ban városi szabadság birtokába jutott. 1492-ben a hagyomány szerint itt verte szét Kinizsi Pál a legendás, de akkor már fosztogató, szétzüllött fekete sereget. A török időkben a krími tatárok kétszer (1566, 1596) is elpusztították Halast, bár khász városként némi mentelmet élvezett. Először a törökök telepítették újra 1569-ben, mert szükségük volt az adófizetőkre. A tizenöt éves háború pusztítása után 1626-ban főként Baranya vármegyeiekkel telepítették újra. A törökök kiűzése után berendezkedő Habsburg-hatalom nemcsak a tisztán református lakosságú város egyházi ügyeit korlátozta, hanem az általa igazgatott Jászkun kerületet is.

A Habsburgok 1702-ben a Német Lovagrendnek zálogosították el a Jászkun kerületet. 1703. október 5-én a Rákóczi-szabadságharc egyik legvéresebb csatája zajlott le itt. Ennek emlékére 200 év múlva Magyarország első köztéri kuruc szobrát állították fel a városban. 1753-ban Kiskunhalas térségében itt került sor az utolsó boszorkányégetésre.

Az elzálogosított régió 1731-től a Pesti Invalidusház birtoka lett. A jobbágysorba került jászkunok 1745-ben megszerezték a megváltakozás (redemptio) jogát, ezután tekintélyes összeg megfizetése ellenében visszanyerték kiváltságaikat és szabadságaikat.

A tanyai kirajzást elsősorban a bevándorlók kezdték meg. Ez kedvezett a kialakulóban lévő betyárvilágnak, amely a 19. század közepére, második felére érte el a tetőpontját. 1753-ig itt volt a Kiskun kerület székhelye, a kiskun kapitányok innen irányították a kerület életét. A 18. század második felében érkeztek a településre görögök (balkáni népek), cigányok, zsidók, evangélikusok. A korábban színmagyar református település etnikai, vallási képe a 19. század elejére jelentősen megváltozott, illetve létszámában is jelentősen megnövekedett. Új városrészek jöttek létre, új temetőket kellett kimérni, és a földkérdés is egyre növekvő problémává vált.

Kiskunhalas az 1871-es községi törvény alapján 1872-ben rendezett tanácsú várossá alakult, majd amikor a Jászkun kerület az 1876-os vármegyerendezés során megszűnt, a Kiskunság nagy részével együtt Pest-Pilis-Solt-Kiskun vármegye része lett. A dualizmus korában a kapitalista gazdálkodás vált jellemzővé, bankok, nagyvállalkozások kezdték meg működésüket. Emellett a kulturális és egyesületi élet is fellendült.

Az első világháborúban nagy vérveszteséget szenvedett el a város lakossága. A két világháború között erős visszaesés, majd lassú növekedés jellemezte a várost, mely az összes többi rendezett tanácsú városhoz hasonlóan 1929-ben megyei város lett a közigazgatás országos átszervezésével összefüggésben.

Az 1945 után nagy kiterjedésű határában több község önállósult, ezzel területe mintegy felére csökkent. 1972-ben korábbi pusztáinak egy részét Kiskunmajsához csatolták, ennek eredményeképp a város területe ismét negyedével csökkent, eredeti területének alig több mint harmadára. Az 1950-es megyerendezés során az újonnan alakított Bács-Kiskun megye része, egyúttal a szintén ekkor alakított Kiskunhalasi járás székhelye lett a város.