Régen sok régészeti lelőhelyet tártak fel itt, leleteik az újkőkortól kezdődnek. A Csörsz-árok egy szakasza a településtől északra húzódik. Első okleveles említése 1148-ban, „Kerepesi-rév”-ként (kerep: régi magyar szó; jelentése: hajó, csónak). Az 1400-as évek elején épülhetett a Szent Miklós templom. Az 1596-os tatárdúlás során a lakosság teljes egészében kihalt vagy elmenekült, s csak később, 1620-ban települt újra a falu.

Az 1690-es évektől kezdett megint benépesülni magyar és német telepesekkel. Kerepes németsége több vonulatban került a településre. Mária Terézia idején, de már korábban is éltek itt németek. Biztosan állíthatjuk, hogy az 1686 utáni hadszíntérré és átvonulási területté vált környék elnéptelenedett, lakossága ismét elmenekült. Kerepesre német családok érkeztek 1690 után. Benkovics Ágoston 1691. április 3-án kelt leveléből kitűnik, hogy kezdetét vették Kerepesen az építkezések. Dwornikowich Mihály váci püspök már 1695. június 14-én kelt utasításában letiltja a kerepesieket a Pusztatarcsai birtokok használatától. Az 1699-es összeírásban a német családfők száma 57%, a magyaroké 43%. Kerepes német és magyar lakossága elhagyta faluját 1703-ban(valószínűleg a Szentendre–Buda–Ráckeve környéki rácok  pusztító portyái miatt). A Rákóczi-szabadságharc alatt a lakosság megint csak elmenekült.

Csak a váci járásból az 1703-as évhez képest 15 falu hiányzik, főleg Pest körül hatalmas ívben: Dunakeszi, Kerepes, Nagytarcsa, Pécel, Maglód, Ecser stb. mind lakatlan. És ez már így is maradt az 1711. április 30-án megkötött szatmári békéig, addig is a falu üresen állt, elhagyott volt. A régi lakosok közül mindössze négy család tért vissza Kerepesre. Az egyik legrégebbi, ma is megtalálható kerepesi családnév az Ellenbacher.

Az 1690 után elkezdődött szervezett telepítési programok során magyar, német és tót családok jöttek ide. 1719-től Grassalkovich Antal tulajdonába kerül Kerepes. Ekkortól kezdődött az egyházi anyakönyvezés is. A három nyelv viszonya a 18. század második felében úgy alakult, hogy a magyar egyre inkább előtérbe került, tekintet nélkül arra, hogy a nevek alapján a lakosságnak csak 45 százaléka volt eredetileg is magyar. Ezt támasztja alá a helyi közigazgatás magyar és latin nyelve. A szlovák nyelv tartotta pozícióit mintegy egyharmad részben, bár nyilván a szlovák lakosság ekkorra már szintén kétnyelvűvé vált. Az 1779-es és 1842-es canonica visitatiók szerint Kerepes egyházi nyelve 1830-ig német és szlovák volt ezt követően magyar is.

A környéken éltek Petőfi Sándor rokonai, s maga a költő is többször megfordult a faluban (ezt emléktábla őrzi). Az 1848–49-es forradalom és szabadságharc alatt Klapka György és Aulich Lajos tábornokok állomáshelye volt Kerepes. 1867-ben magyar királyi koronabirtok lett. 1882-ben megépült a HÉV-vonal a Keleti pályaudvar és Kerepes között. 1911-ben villamosították a HÉV vonalát, és a vonalat kibővítették. Az új végállomás Gödöllő lett. Majd csak 1970-től az Örs vezér tere.

1978. december 31-én Kistarcsátés Kerepest Kerepestarcsanéven egyesítették. 1994. december 11-étől Kerepes és Kistarcsa ismét önálló települések lettek. Kerepes az ezredfordulót követő években sokáig hiába próbálkozott a városi cím megszerzésével, végül 2013. július 15. napjával nyilvánították várossá.