A város nevének eredete ismeretlen; többek szerint az „éger(fa)” elnevezésből származik (a környező területeken még ma is valóban sok égeres található), vagy a 670 körül a Kárpát-medence északkeleti területére beköltözött bolgár (onogur) népességtől eredhet, esetleg a mai Csehország nyugati területén, mai neve Cheb, valószínűleg vidékéről települtek át Egercsehi lakói Nagy Károly frank uralkodó hódítása elől.

A korai középkorban avar és szláv törzsek is éltek itt. A területet a 10. század elején már a honfoglaló magyarság első nemzedéke megszállta. Szent István az 1009 előtt szervezett tíz püspökség egyikének székhelyévé tette. Az első, mára elpusztult székesegyház a Várhegyen állt, körülötte alakult ki a város történelmi magja, gyorsan jelentős központtá fejlődött, majd 1241-ben a tatárok feldúlták és felégették a várost. A tatárjárás tapasztalataiból okulva IV. Béla 1248-ban kővár építésére adott engedélyt Lambert püspöknek.

1442-ben a husziták feldúlták a várost és lakosai közt iszonyú öldöklést vittek véghez. Mátyás király uralkodása alatt Bekensloer János püspök gótikus stílusban átépíttette az akkor még a várban álló püspöki palotát; az épület még ma is látható. A parasztlázadás alkalmával 1514-ben Dózsa György egyik vezére, Barnabás, porrá égette a várost. 1552-ben visszaverte egy nagy török sereg támadását. Az ostrom alatt teljesen leromlott várat, kiváló olasz hadmérnökök tervei alapján 1553 és 1596 között teljesen átépítették. 1596-ban a török újra megostromolta Eger várát, amit a körülbelül hétezer fős védősereg mintegy három hetes ellenállás után. A város 91 éven át, 1687-ig volt az Oszmán Birodalom része, mint egy több szandzsákot magába foglaló vilajet székhelye.

A keresztény csapatok 1687. december 17-én foglalták vissza a várost, miután sikerült kiéheztetniük a vár védőit. Mintegy 600 török visszatért Egerbe, megkeresztelkedett, és ezek lettek az elpusztított város első lakói. I. Lipót 1688-ban szabad királyi várossá nyilvánította (azaz mentesítette az egyházi és földesúri terhek alól). 1695-ben a visszatelepedő Fenessy György püspök kérésére az uralkodó újra püspöki várossá nyilvánította. A Rákóczi-szabadságharc alatt 1703-tól 1711-ig Eger volt a felszabadult országrész központja. Itt volt a fejedelem főhadiszállása, amit rendszeresen fel is keresett.  A 18. század a virágzás, a fellendülés időszaka volt. A ma is látható barokk városképet Eger püspökei alakították ki, főképpen Barkóczy Ferenc és Eszterházy Károly. A lakosság ugrásszerűen megnőtt, (1688-ban 1200 fő-1787-ben 17 000 fő) ezzel Eger volt az ország hatodik legnépesebb városa. 

A 19. század katasztrófákkal indult. 1800-ban a belváros fele tűzvészben elpusztult, 1801-ben pedig leomlott a vár déli fala is, és megrongált több lakóházat. 1827-ben a belváros nagy része újra leégett, négy évvel később pedig több mint 200 embert vitt el a kolerajárvány. 1854-ben az érsek 50 000 forintért lemondott földesúri jogáról (a kilenced és a taksa szedéséről), és ezzel Eger felszabadult az egyház gazdasági hatalma alól. A századforduló után Egerben az iskolaváros jelleg dominált, iskolái és más kulturális intézményei miatt a „magyar Athénnak” is nevezték. 1933-ban az országban az elsők között Eger is engedélyt kapott gyógyfürdő építésére.

1944 -ben a szovjet csapatok november 30-án vonultak be a városba. 1961-ben a városhoz csatolják Felnémetet. 1968-ban a barokk belvárost védetté nyilvánították, és ezzel több más várostól eltérően megkímélték a további, oda nem illő épületek beépítésétől. 1978-ban a települést a helyi műemlékek védelméért Hild János-díjjal tüntették ki. Eger belvárosát gyakran nevezik Európa barokk gyöngyszemének. Itt található többek között Magyarország harmadik legnagyobb temploma, valamint a több száz éves múlttal rendelkező Eszterházy Károly Egyetem főépülete, a Líceum, az autóbusz-pályaudvar, valamint ide költözött a Kepes György Vízuális Központ is. A Belváros festőiségét javarészt középkorból megmarad utcaszerkezete és számos barokk, neobarokk, eklektikus épületének dinamikája adja.