A XIII. században már biztosan létezett a Szenterzsébetfalva (rövidebben Szentfalva) nevű Árpád-kori település itt. 1526. szeptember 19-én a mohácsi után a török sereg felgyújtotta Pest városát. Valószínűleg ekkor pusztult el Szentfalva is. Csupán Buda 1686-ban történt visszafoglalása után kezdődött Pest déli kültelkeinek újra hasznosítása.

Az 1700-as évek közepétől indult meg a mai Belső-Ferencváros fokozatos kiépülése, 1749-ben megnyílt a Két Nyúlhoz címzett fogadó, majd újabb fogadók nyíltak. A fallal körülvett Pest déli kapuja, a Kecskeméti kapu előtt álltak meg az Erdélyből és az Alföldről elindult marhakereskedők és hajcsárjaik, akik a pesti vásárokra lábon hajtott jószágaikat akarták eladni. A Kálvin tér, az akkori Széna piac, volt az a hely, ahol Pestre érve először megpihenhettek. Az őket kiszolgáló fogadósok és kocsmárosok teljesen logikusan a Széna piachoz közel eső telkeken építtették meg fogadóikat és kocsmáikat. A városiasodás első fejezete tehát egyfelől az állatkereskedelemhez, másfelől a vendéglátóiparhoz kapcsolódik.

1792-ben elhunyt II. Lipót király, utódaként I. Ferenc lépett a trónra. Az egyre fejlődő városrész polgárai Terézvároshoz, Lipótvároshoz, és Józsefvároshoz hasonlóan a kerületnek külön nevet szerettek volna. Folyamodványt intéztek a városi tanácshoz, hogy az a Helytartótanácshoz, illetve a királynak továbbítsa névfelvételi kérelmüket. Sándor Lipót nádor 1792. december 4-i keltezésű leiratában tudatta a kérelmet írókkal, hogy a király hozzájárulását adta: a Pesttől délre fekvő terület a Ferencváros nevet viselheti.

Ferencvárosnak a Rákos árkon (a jelenlegi Ferenc körúton) túli részén apró, falusias jellegű házak épültek, az itt lakók főleg zöldségtermesztéssel és állattenyésztéssel foglalkoztak. 1838. március 13.ai árvíz teljes egészében lerombolta a terjeszkedő Ferencvárost. A város újjáépítése rögtön megkezdődött. 1838 végétől egy rendszabály írta elő az építési módokat. A szabályzat két részből állt: 1. szabályos engedélyezés és csak jogosított építőmesterek kivitelezhetik az engedélyezett építési terveket. 2. A földszint padlójának minden esetben az 1838. évi árvíz legmagasabb szintje fölött 6 hüvelynyire (15-16 centiméter) kellett lennie.

Az 1850-es évek től az ipari üzemek is kezdtek nagyobb számban megtelepedni e területen, elsősorban a Belső-Ferencvárosban. 3 évtized alatt a városrész teljesen városiasodott, polgáriasodott területté vált, a gyárakat fokozatosan a Boráros téren és a Ferenc körúton kívül építették fel. 1877-re kiépült Közép-Európa legnagyobb rendezőpályaudvara a Külső-Ferencváros közepén, és a Budapest-Dunapart teherpályaudvar.

A századfordulóra tehát Ferencváros három jól elkülöníthető részre tagolódott: A. A polgári Ferencvárosra, a mai Belső-Ferencvárosra B. A gyárnegyed jellegét öltő, Soroksári út menti Külső-Ferencvárosra. (Ezen a területen 1855 és 1918 között 77 20 főnél több munkást alkalmazó üzem működött.) C. Valamint a gyárnegyedben dolgozó, de a közelben lakó munkásoknak otthont nyújtó Középső-Ferencvárosra.

1896 nem csupán Magyarország és Budapest, hanem Ferencváros számára is kimagaslóan fontos évnek bizonyult. A századfordulós Ferencváros, melyet élelmiszeripari egységei miatt Budapest gyomrának is neveztek, ekkor érte el történetének addigi legfejlettebb állapotát.

Az első világháború után a Külső-Ferencváros hamarosan a nyomornegyedek területévé vált. A szükséglakótelepek és a velük járó problémahalmaz több évtizedre meghatározta a fejlesztési elképzeléseket. Ekkor létesült az Üllői út mentén, az Ecseri út torkolatánál a Mária Valéria barakkórház, mely 1920 után a leghírhedtebb és legtovább fennmaradó szükséglakóteleppé vált. A Mária Valéria azonban túlélte a világháborút is, sőt, több mint egy évtizedig az új hatalom sem tudott mit kezdeni a szükséglakóteleppel.

A második világháború hadi eseményei nagy károkat okoztak Ferencvárosban, emberéletben és épületekben egyaránt. 1957-ben megindult a barakkok bontása, és lakótelep épült a hírhedt Mária Valéria helyén. A történeti városrészek többi területét évtizedeken keresztül elhanyagolták. Csak az 1980-as évek második felében Középső Ferencváros három tömbjében kezdődött meg az állami, fővárosi forrásokra alapozó rehabilitáció, amely előképe lett a későbbi városmegújításnak.