Mosonmagyaróvár az 1939-ben egyesült két település nevéből képzett összetétel. Moson neve valószínűleg szláv eredetű, mocsári várat jelent. Első előfordulása 1137-ből való Mussun alakban, a területén egykor a Lajta és a Duna összefolyásánál álló várra utal, amely határispánsági központ volt. Az Óvár helynév bizonyára azzal az Ad Flexum nevű római katonai táborral kapcsolatos, amely a mai magyaróvári belváros és a vár területén helyezkedett el. Magyaróvár nevének első előfordulása 1263-ból való Owar alakban, német neve 1271-ből ismert Altenburch alakban. Magyar- előtagja (Ungarisch-Altenburg) a Bécstől keletre lévő Németóvártól (Bad Deutsch-Altenburg) való megkülönböztetést szolgálta.

Kr. u. 1. század elejétől területét Pannonia részeként a Római Birodalomhoz csatolták. Ettől kezdve a birodalom határa a Duna mentén húzódott, amelynek a Mosoni-Duna mellett létesített katonai tábor jelentős stratégiai pontja volt. 169-171 között a Duna bal partján élő germánok óriási erővel zúdultak a határra. Szinte teljesen megsemmisült a limes és a tábor melletti település is. 

Később, a 3. században ismét fellendülés volt lakossága ekkor 3000-4000 fő lehetett.  Valentinianus 375-ben bekövetkezett halála után a hunok támadásai menekülésre kényszerítették a lakosságot. Óvár elnevezése azt bizonyítja, hogy az Árpád-korban még létezhettek a római tábor és a település egyes részletei, s ezek képezték azt az alapot, amelyen a középkori város fölépülhetett.

Moson szerepe akkor nőtt meg, amikor a kalandozások kényszerű fölhagyása után I. István a központi hatalom bázisaként a határok védelmére megyeközpontot és királyi várat létesített. E köré a gerendákból összerótt mosoni ispáni vár (Királydomb) köré szerveződtek a környék települései. Mosont erős várként és forgalmas kereskedővárosként emlegették a 11. századi krónikák. Moson a 13. század első felében fontos kereskedelmi útvonal volt, melyen királyi vámot szedtek. Hajómalmok őrölték a Mosoni-Dunán a környék gabonáját, s a kikötők fenntartása némi iparosodással is járt.

E fejlődésnek vetett véget II. Ottokár cseh király 1271. évi hadjárata, amelyben a mosoni erődítményt annyira lerombolta, hogy királyaink már nem tartották érdemesnek az újjáépítést, s az ispánság székhelyét Óvárra tették át.

Óvár várának építését az a Győr nemzetségbeli Konrád kezdte el, aki ezért IV. Bélától birtokokat kapott Moson vármegye területén. 1291-től Óvár a magyar királynék birtokaként szerepelt, 1354-től Óvárt a királynéi városok rangjára emelték, s kiváltságai között saját bíráskodást, szabad plébánosválasztást, örökösödést és polgárainak egész Magyarország területére vámmentességet biztosított. 1522 januárjában II. Lajos Budán tartott esküvője alkalmából feleségének, Mária királynénak adományozta, s ettől kezdve sorsa évszázadokra összefonódott a Habsburgokkal, Ausztria védelmének egyik előretolt bástyája lett.

A magyaróvári uradalom kezelését az Alsó-ausztriai Kamara vette át. 1529-ben a törökök Bécs alól vert hadként visszavonulva fölgyújtották a várost és a várat. Buda török megszállása, majd Győr 1594. évi eleste után olasz hadmérnökök tervei alapján megerősítették és korszerűsítették, csillag alakban elhelyezkedő bástyáit kőfalazással erősített földsánc kötötte össze. 

1683-ban Bécs sikertelen ostroma után a visszavonuló törökök ismét fölégették Mosont, Óvárt és a vármegye szinte valamennyi települését. 1716-ban az Udvari Kamara megszüntette a város gazdasági függetlenségét, s néhány év múlva az uradalom magához ragadta a kegyúri jogokat is. 1809-ben Napóleon katonái úgy fölélték a város tartalékait, hogy az ismét tervezett megváltásról szó sem lehetett.

1847-ben a reformországgyűlésre Moson megye egyik követévé gróf Széchenyi Istvánt választották. 1855-ben indult meg a vasúti közlekedés Győr és Bruck között. 1913-ban itt kezdték építeni a monarchia nagy fegyvergyárát, amelyet a trianoni béke után leszereltek és nagyrészt megsemmisítettek. Hatalmas közművesített területén 1923-ban kezdte meg működését az ország első műselyemgyára, 1934-ben az ország első timföldgyára.

Már 1908-ban fölmerült a két település egyesítésének gondolata, amit végül belügyminiszteri határozat mondott ki, s a két képviselőtestület 1939. június 28-ai ülésén ünnepélyesen jóváhagyott. 1945. Április 1-jén a szovjet csapatok különösebb harc nélkül foglalták el a települést. Viszonylag kevés háborús kár érte a várost, de a közlekedés megbénulása, az anyag- és munkaerőhiány miatt nehezen indult meg az üzemekben a termelés.