Nevét a ‘fon’ igére vezetik vissza: királyi fonónépek lakták, akik gyékényt, fűzvesszőt, hálót fontak.

Fonyód környékén az első embercsoport már 17–18 ezer évvel ezelőtt megjelent. A honfoglalás idején a Bő nemzetség birtokai közé tartozott. Feltételezik, hogy erős vára lehetett a Várhegyen, amelyet szőlőműveléssel, gyümölcstermesztéssel és állattartással foglalkozó lakosság látott el.

Nevét először Szent László király 1093–95. évi összeírólevele említi a szentmártoni apátság birtokai között Funoldi alakban. 1232-ben IX. Gergely pápa levele is megemlékezik róla, de Albeus mester esztergomi kanonok 1237–40. évi összeírásában nem fordult elő. Az 1332–37. évi pápai tizedjegyzékben Sconold, Fonold alakban jegyezték fel. Ekkor már plébániája is volt.

Az 1536. évi adólajstromban Fonoldh alakban fordult elő. Az 1563: LV. törvénycikk szerint Fonyód várát, mely eredetileg a tóti Lengyel családé volt, Palonai Magyar Bálint tartotta hatalmában. Az ellenség kezére végleg 1575-ben, Magyar Bálint halála után került az erődítmény, ők azonban porig rombolták, a jószágokra pedig, az 1612. évi tanúvallomások szerint, a tihanyi kapitányok tették rá a kezüket. A jelen számára csupán a hajdani várárok jelzi egykori kiterjedését.

Az elnéptelenedett településen csak a 18. század közepén indult meg újból az élet. A 19. század első felében Lengyel Julianna, báró Pászthory Menyhértné birtokában találjuk. Az 1840-es évektől kezdődően egy része az Inkey családé, másik része a Wodianer család birtokába került. A szabadságharc idején még 108 ember (zsellérek, uradalmi halászok) lakta puszta volt. Az 1840-es években készült egy kezdetleges kikötő, s a pusztát ezzel bekapcsolták a hajóforga­lomba. A lecsapolás, a halászat és a szőlőmű­ve­lés újabb családoknak jelentett megélhetést. A fonyódi pusz­ta évszázadokon át érintetlen lejtőin virágzó szőlőkultúra honosodott meg. Lendítőerő lett később a vasútépítés, mert annak megindulásától kezdve sok férfi dolgozott a Balaton déli partján az erdőirtásokon és a földmunkákon. 1869-ben 312-en lakták.

A századfordulón indult meg Fonyód üdülőhellyé válása, ebben nagy érdeme volt dr. Szaplonczay Manó vármegyei tisztifőorvosnak, aki rávette Zichy Bélát, az erdővel borított hegy tulajdonosát, hogy birtokából egy területet parcellázzon fel a nyaralók számára. 1894-ben alakították meg a Balaton–Fonyódi Bélatelepet, s a századfordulóra előkelő villasor épült. A Kaposvár-Fonyód közötti vasútvonal 1896-os megnyitása pedig a megyeszékhelyről is megkönnyítette az ideutazást. Ettől kezdve gyors fejlődésnek indult a település, és egy új övezet, a Sándortelep kezdett kialakulni. E városrész dr. Berzsenyi Sándor orvosról kapta a nevét, aki tisztviselőket nyert meg telektulajdonosnak, s ők a bélatelepiekénél szerényebben, de a vízhez jóval közelebb építkeztek. 

Fonyód 1906-ban alakult önálló községgé. A következő évtizedekben megélénkült a vendégforgalom, s egy-egy szezonban 4–5 ezren üdültek Fonyódon. 1928-ra elkészült a vasút mellett a műút, s a település ekkor vált önálló nagyközséggé, majd 1950 után járási székhely lett. 1957-ben kezdték meg a meleg víz utáni kutatást is, aminek eredményeként szénsavas vizet találtak, s ettől kezdve ismert ’Fonyódi’ néven az ásványvíz.

A település 1982-ben ünnepelte fennállásának 900 éves évfordulóját, a városi rangot 1989. március 1-jén kapta meg. 2013-tól Fonyód ismét járási székhely lett.